Poškození zdraví hrozí po koupání ve vodě na Orlíku u Vojníkova. Zákaz vydala Krajská hygienická stanice Jihočeského kraje. Voda zde neodpovídá hygienickým požadavkům a hrozí zde akutní poškození zdraví. Ve vzorcích vody se zjistilo výrazné překročení prakticky všech sledovaných mikrobiologických ukazatelů. Ty jsou obecnými indikátory takzvaného fekálního znečištění.
Voda u pláže v Lipně nad Vltavou na Lipně a u veřejného tábořiště Podolsko na Orlíku byla označena jako vhodná ke koupání, se zhoršenými smyslově postižitelnými vlastnostmi a nízkou pravděpodobností vzniku zdravotních problémů. Všechny další lokality hlásí dobrou kvalitu vody.