Odborníci stále varují před koupáním v některých nádržích a rybnících. Kvůli letnímu počasí a minulým tropickým teplotám se rozmnořily toxické sinice. Ideální není situace v Praze na Džbáně nebo v Hostivaři, ale koupat se ještě dá. Koupání je nebezpečné a vlastně zakázané v nádrži Vajgar u Jindřichova Hradce, nebezpečné je casino dkaplan i koupání v přehradě Skalka, která je u Chebu. Sinice rovněž kazí koupání i v nádrži Seč na Chrudimsku. Od 29.6.2009 byl ukončen provoz rekreace v Brněnské přehradě a to z důvodu čištění nádrže a jejího dna byla snížena hladina vody v nádrži na minimum. Zákaz vstupu do nádrže se předpokládá po celou letní rekreační sezonu 2009. Odborníci také upozroňují rekreanty, že v místech ovlivněných povodněmi je nutné očekávat zhoršenou kvalitu vody.